Papež Benedikt XVI. je msgr. Andreja Glavana leta 2006 imenoval na prvega škofa novoustanovljene novomeške škofije. Škofijo je v upravljanje formalno prevzel 10. junija 2006. Papež Frančišek je msgr. Andreja Glavana leta 2013 po odstopu ljubljanskega nadškofa metropolita Antona Stresa imenoval za apostolskega administratorja ljubljanske nadškofije, ki je to službo opravljal do 4. oktobra 2014.
Andrej Glavan je že pripravil velikonočno poslanico ob prihajajočem prazniku.